黄蜡石在形成过程中经历了构造、岩浆、变质等内动力地质作用和风化、剥蚀、搬运、沉积等外动力地质作用。 
构造作用产生的断裂将整个岩体分为一块块立的个体，坠入山坡、河流中；风化作用改变了原岩的质地、色彩和纹理；长期的水流、风沙给岩石造成冲蚀和吹蚀
以广东、广西、云南、浙江、江西、辽宁等省（区）的黄蜡石为有名，这些地方原石观赏和交易氛围比较浓厚，新玉种开发和品牌建设也初见成效
黄蜡石有广义黄蜡石和狭义黄蜡石之分，广义的黄蜡石包括各类硅质成分的观赏石和料石，狭义的黄蜡石专指玉髓成分、隐晶质结构的硅质玉，如黄龙玉、台山玉、金华玉等。
关于黄蜡石的形成原因，近年来各地多有研究。
浙江省地质矿产研究所、浙江省珠宝玉石首饰鉴定中心，对省内黄蜡石资源进行野外实地调查，并对其宝石学、矿物学特征进行了系统研究，认为产出黄蜡石的古老的地层是震旦系上部皮园村组化学成因的硅质岩，经成岩、变质及风化磨蚀而形成。中生代火山岩中产出的
大量硅质岩脉也提供了丰富的成矿“原料”。
黄蜡石的原岩均为硅质岩，各种原岩受到构造变动、火山活动、热液作用等影响，产生复杂的物理和化学变化，包括重结晶、热变质等，导致矿物成分及结构构造的变化，后受构造变动的影响，岩石露出地表，与地表酸性土壤环境长期接触，或在溪流中长期磨蚀，经历染色、磨圆，形成河谷中的籽料。
黄蜡石矿藏中有原生矿和次生矿之分，原生矿是指产自岩体中的矿体，俗称“山料”；次生矿是指脱离母矿的石英岩，在表生作用下，离开原生矿体在异地形成的矿藏，具体有残坡积型、水系冲积砂矿（籽料）和山流水三种存在形式。对于上述三种存在形式的黄蜡石形成原因，江西师范大学吕桦教授有更为详尽的研究表述。
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